Pylväskromatografian perusperiaate on seosten erottaminen perustuen eroihin komponenttien affiniteetissa kiinteään faasiin ja liikkuvaan faasiin. Se sisältää nesteen tai kaasun (liikkuva faasi) johtamisen kiinteällä materiaalilla pakatun kolonnin läpi (stationaarifaasi), jossa seoksen eri komponentit kulkevat eri nopeuksilla niiden vaihtelevien vuorovaikutusten vuoksi stationaarifaasin kanssa.
Näin se toimii tarkemmin:
Kiinteä vaihe: Kolonni on pakattu kiinteällä materiaalilla, kuten silikageelillä tai alumiinioksidilla, joka muodostaa pinnan seoksen komponenttien kanssa vuorovaikutuksessa. Stationaarifaasi voi olla polaarinen tai ei-polaarinen erotuksen luonteesta riippuen.
Mobiilivaihe: Liuotin tai liuottimien seos, joka liikkuu kolonnin läpi. Liikkuva faasi kuljettaa seoksen komponentit stationaarifaasin läpi.
Erottaminen: Kun seos levitetään kolonnin yläosaan, sen komponentit ovat vuorovaikutuksessa stationaarifaasin kanssa vaihtelevissa määrin. Joillakin komponenteilla voi olla voimakas vetovoima stationaarifaasiin (adsorptio), kun taas toisilla voi olla heikompi vuorovaikutus ja ne voivat liikkua nopeammin kolonnin läpi.
Eluointi: Liikkuvan faasin liikkuessa kolonnin läpi seoksen komponentit erotetaan niiden differentiaalisen affiniteetin perusteella kiinteään faasiin. Komponentit, joilla on heikompi vuorovaikutus stationaarifaasin kanssa, liikkuvat nopeammin, kun taas ne, joilla on voimakkaampi vuorovaikutus, liikkuvat hitaammin.
Kokoelma: Erotetut komponentit poistuvat kolonnista eri aikoina, ja ne voidaan kerätä erikseen.
Kolonnikromatografiaa käytetään laajalti kemiassa yhdisteiden puhdistamiseen ja seosten erottamiseen.