Molekyylitislaus voi saada puhtaita ja turvallisia tuotteita, ja toimintaprosessi on yksinkertainen ja laite on vähän. Molekyylitislaustekniikalla voidaan erottaa aineet, joita ei ole helppo erottaa tavanomaisella tislaamalla. Molekyylitislauslaitteen on varmistettava korkea tyhjiö, johon järjestelmän paine voi nousta. Sillä on korkeat materiaalitiivistysvaatimukset, ja haihtumispinnan ja kondenssipinnan välisen etäisyyden on oltava kohtalainen. Laitteiden käsittely on vaikeaa. Hinta on korkea.
Molekyylitislaustuotteiden energiankulutus on pieni, koska molekyylitislauksella on vähemmän kokonaiserottelua ylikuumenemishäviö, ja molekyylitislauslaitteen ainutlaatuisen rakenteen vuoksi sen sisäinen paine on erittäin alhainen ja sisäinen kestävyys on paljon pienempi kuin tavanomainen tislaus, joka voi säästää huomattavasti energiankulutusta.
Korkeakiehumispisteen, lämpöherkkien ja helposti hapettavien materiaalien erottamiseksi molekyylitislaus tarjoaa parhaan erotusmenetelmän. Koska molekyylitislausta käytetään lämpötilassa, joka on selvästi materiaalin kiehumispisteen alapuolella, ja materiaalin viitteenä on lyhyt.
Molekyylitislauksen tislekalvo on ohut ja koko tuotteen lämmönsiirtotehokkuus korkea. Materiaalin lämmitysaika on lyhyt. Lämmitetyn nestepinnan ja kondenssipinnan välinen etäisyys on pienempi kuin valomolekyylien keskimääräinen vapaa polku, joten se pakenee nestemäiseltä pinnalta Valomolekyylit saavuttavat lähes kondenssipintaa ilman törmäystä.